Desa Air Lengit dulunya adalah Satuan pemukiman yang disingkat SP, merupakan suatu wilayah yang baru dibuka untuk area transmigrasi (Perpindahan dari pulau yang padat penduduknya ke daerah yang kurang penduduk), dalam hal ini pulau jawa yang padat penduduknya. Proses perpindahan penduduk tersebut terjadi pada Tahun 1983, disana pemerintah Pusat membuka wilayah Pulau bunguran/Kepulauan Natuna untuk area Transmigrasi guna meningkatkan taraf perekonomian masyarakat.

Setelah sekian lama dibina dan dianggap warga sudah mampu untuk mandiri maka lepaslah tugas tanggung jawab Pemerintah Pusat dan dijadikan menjadi Desa Definitive pada tahun 1997. Nama Air Lengit itu sendiri diambil dari nama sungai yang memang sungaitu sendiri bernama Air Lengit dan sungai itu melintasi wilayah desa tersebut sehingga dinamakan desa air Lengit. Kata air Lengit berasal dari Bahasa melayu pulau bunguran/ Kepulauan Natuna yaitu Kata Air artinya air dalam Bahasa Indonesia, sedangkan kata Lengit yang berarti nyamuk. Jadi Desa Air Lengit itu diambil dari sebuah sungai yang artinya banyak nyamuknya. Dan jadilah daerah Transmigrasi itu menjadi Desa Air Lengit sampai sekarang.